Sierra Bermeja presenta una componente faunística excepcional merced a sus peculiares características ecológicas. A la exclusividad del suelo se unen efectos biogeográficos, de aislamiento y de refugio ocurridos durante las últimas glaciaciones que podrían haber dado lugar a la biota específica actual, siendo el bordallo del Genal, Squalius malacitanus, ejemplo de este tipo de especiación.
Existen más de 216 especies de fauna identificadas, 13 endémicas y casi todas protegidas por la legislación europea, española o andaluza, lo que parece indicar su gran importancia como centro de especiación de fauna, esencialmente para los invertebrados.
Tomando por tanto como criterios la riqueza de especies, la vulnerabilidad y el carácter endémico, debe identificarse a Sierra Bermeja como un punto caliente de biodiversidad.
En invertebrados hay identificados 13 endemismos, la gran mayoría descubiertos en las últimas dos décadas. Hay también 18 especies de distribución restringida a este macizo y a otros escasos enclaves de las sierras béticas.
Por ecosistemas, resalta la fauna asociada al tipo de sustrato, a los cursos fluviales y al pinsapar. Tanto es así que Sierra Bermeja se encuentra recogida como área importante para la conservación de especies amenazadas de odonatos, coleópteros y moluscos terrestres.
Los ríos bermejenses, pequeñas cuencas aisladas, poseen una calidad de agua inmejorable. Por ello sobreviven especies extintas de peces de otros ríos refugiadas aquí de un modo relíctico. Hay descritas 5 especies.
Existen al menos 10 especies de anfibios en el área de Sierra Bermeja y su entorno, y 20 especies de reptiles, 17 de las cuales están protegidas y 4 incluidas en la Directiva de Hábitats.
El Paraje Natural de Los Reales de Sierra Bermeja está catalogado como Zona de Especial Protección para las Aves según la directiva europea. Sólo aquí existen no menos de 150 especies de aves; 25 protegidas por Directiva de Aves y 117 protegidas por la legislación nacional o andaluza. Especialmente diversa es la presencia de aves rapaces, siendo destacables las citas hasta principios del s.XX del quebrantahuesos, extinto a escala regional en la actualidad.
Existen al menos 36 especies de mamíferos; 18 protegidas. Los quirópteros están muy bien representados. Entre los ungulados se encuentran el jabalí, la cabra montés y el corzo, especie muy escasa en Andalucía en general. Todos los ríos de Sierra Bermeja tienen una especie considerada “Vulnerable” y protegida a nivel español y europeo: la nutria euroasiática. Es abundante en todo el conjunto serrano el meloncillo, única mangosta europea, citada por primera vez en Europa en Sierra Bermeja. Como especies extintas de mamíferos aparecen citados hasta mediados del s.XX poblaciones de lince y lobo ibéricos.
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